In Rogue Agent nemen de spelers de rol van Agenten op zich die door de Agency belast zijn met het voorkomen van de misdaad in Rain City. Als Agenten zullen de spelers Criminelen voor het gerecht brengen, liquidaties voorkomen, Bommen ontmantelen die mogelijk hele districten in het puin zullen leggen, zoeken naar waardevolle Hulpmiddelen en Informanten rekruteren die hen kunnen helpen bij de moeilijke taak om te overleven in de donkere steegjes van de stad. Door deze taken succesvol uit te voeren krijgt een Agent Invloed en Invloed zal uiteindelijk bepalen hoe succesvol een Agent zal zijn en hoe hoog hij zal opklimmen binnen de gelederen van de politiemacht.